中國科學院深海科學與工程研究所（英文名：Institute of Deep-sea Science and Engineering，Chinese Academy of Sciences；縮寫：IDSSE，CAS）是直屬中國科學院的科研事業單位，位于中國海南省三亞市鹿回頭半島，由海南省人民政府、三亞市人民政府和中國科學院三方聯合于2011年共建，2016年5月建成投入正式運行。?
一、研究所定位?
利用地域位置優勢，形成專業特色，在我國最為臨近深海的省份建立完備的國立深海研發基地，成為國家深海研發試驗的共享開放平臺，填補我國深海戰略上的地域空白。
突破大深度海洋研究的禁區，突破海洋科學與工程之間，深海科學、深海工程技術研發與海上作業試驗之間長期以來相互割裂的障礙，以深海、科學與工程技術的結合、共享與開發平臺為基點，構筑科學研究-工程技術-深海作業融合性體系，強化中國科學院和海南省在我國深海事業中的戰略性地位。
通過牽頭組織重大項目，挖掘和促進國內目前非涉海科研團隊在海洋科學和工程方面的研發資源和潛力，形成綜合優勢，構筑新時代國家深海科技戰略力量，引領我國深海科學、深海技術、資源開發利用和產業化發展。
二、建設目標?
建設集深海科學研究、工程技術研發、成果轉移轉化、科技服務和人才培養于一體的海洋科技創新基地；中國深海科學與工程技術核心研發基地、深海技術試驗基地、海洋戰略思想庫和科普教育基地；國際深海科學與工程領域有重要影響力的研發機構、教育和公共服務中心；引領我國深海科學與工程技術研發方向，打造具有一流成果、一流效益、一流管理、一流人才科研機構。?
三、科研架構?
設有深海科學研究部、深海工程技術部和海洋裝備與運行管理中心三個主要業務單元。?
深海科學研究部下設深海生物學研究室、深海地質與地球化學研究室、深海地球物理與資源研究室、海洋環流觀測與數值模擬研究室、深海極端環境模擬研究實驗室、地外海洋系統研究室、海洋哺乳動物與海洋生物聲學研究室和分析測試中心8個基本研究單元。?
深海工程技術部下設深海探測技術研究室、深海信息技術研究室、深海資源開發研究室、深潛技術研究室、深海視頻技術研究室、網信/深海軟件測評及研發研究室和工程實驗室7個基本研究單元。?
海洋裝備與運行管理中心主要圍繞科考船舶、深海裝備、科研碼頭等資源，開展建設和運行的組織管理和協調工作，管理船舶航次、提供科考作業技術支持，為科學考察和研究提供應用平臺和技術保障，同時負責船員和工程技術人員的管理和培訓。?
四、運行管理機制?
研究所建立體現“職責明確、開放有序、評價科學、管理規范”原則的研究所法人治理結構，按國家及中國科學院有關管理規章制度，實施有效管理。主要包括：?
實行所長負責制，所長由中國科學院任免。?
成立黨的委員會，黨委委員按規定程序產生，接受院黨組、廣州分院分黨組和地方上級黨組織領導。?
設立研究所學術委員會、專家咨詢委員會，共同參與研究所的發展與戰略管理。?
建立職工代表大會，在所黨委領導下開展工作，推進所務公開。?
研究所下設7個管理部門，分別為辦公室（與黨委辦公室合署辦公）、科學技術處、重大任務處、人事教育處、資產財務處、基本建設與條件保障處、監督審計辦公室；下設3個支撐部門，分別為深遠海科學快速響應協調中心、崖州灣協管部和文獻信息中心。?
五、人才隊伍?
截至2025年1月31日，在職職工269人，其中，專業技術崗位225人，職員系列崗位41人，工勤系列3人。專業技術人員中，正高級專業技術職務37人，副高級專業技術職務52人。職工中具有博士學位的有94人，具有碩士學位的有122人。?
六、園區建設?
研究所科研園區位于三亞市吉陽區鹿回頭路28號，占地約109畝，總建筑面積50183.95平方米；生活園區位于三亞市鹿回頭路48號（距工作園區約1公里左右），占地約90畝，總建筑134259.60平方米，包括研究所職工、流動科研人員、研究生住房及輔助生活設施。?
七、地理位置與聯系信息?
| 中國科學院深海科學與工程研究所 |  |
| 地址：海南省三亞市鹿回頭路28號 郵編：572000 | |
| 乘車路線：219路A線或125或103路公共汽車到深海研究所站 |
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